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分子植物育种
(
网络版
), 2013
年
,
第
11
卷
,
第
1082
-
1088
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2013, Vol.11, 1082
-
1088
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
Copyright © 2013 5
th
Publisher 1082
研究资源
A Resource
三浅裂野牵牛
(
Ipomoea trifida
)(
2X
)
谷胱甘肽过氧化物酶
(
GPX
)
基因的克隆与生
物信息学分析
张安
,
曹清河
,
赵冬兰
,
周志林
,
唐君
江苏徐淮地区徐州农业科学研究所
,
农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室
,
徐州
, 221131
通讯作者：
tangjun5886@163.com
；
作者
分子植物育种
, 2013
年
,
第
11
卷
,
第
12
篇
doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0012
这是一篇采用
Creative Commons Attribution License
进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用
,
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引用格式
(
中文
)
：
张安等
, 2013,
三浅裂野牵牛
(
Ipomoea trifida
)(2X)
谷胱甘肽过氧化物酶
(
GPX
)
基因的克隆与生物信息学分析
,
分子植物育种
(online), 11(12):
1082-1088 (doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.0
0
12)
引用格式
(
英文
)
：
Zhang et al., 2013, Cloning and Bioinformatical Analysis of Glutathione Peroxidase from
Ipomoea trifida
(
2X
), Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular
Plant Breeding), 11(1
2
): 1082-1088 (doi: 10.5376/mpb.cn.2013.11.001
2
)
摘
要
为了研究三浅裂野牵牛抗逆相关基因，根据转录组拼接结果设计特异引物，进行
RT-PCR
扩增，首次获得了三浅
裂野牵牛谷胱甘肽过氧化物酶编码区序列，并进行生物信息学分析。经测序发现，此序列包含
510 bp
的完整开放阅读框，
软件预测可以编码
169
个氨基酸残基的多肽，预测多肽分子量大小约为
18.7 kDa
，等电点为
6.32
，在
GenBank
中登录，登
录号是
KC961953
，并命名为
ItGPX
。
ItGPX
有大段亲水区，推测在细胞核中起到抗氧化作用。系统发育分析表明
ItGPX
和
甘薯
IbGPX
最为接近，使用
PSIPRED
和
3D-JIGSAW
分别预测了
ItGPX
的二级和三级结构。三浅裂野牵牛谷胱甘肽过氧化
物酶基因的克隆为甘薯抗逆育种提供了新的基因资源。
关键词
甘薯
;
谷胱甘肽过氧化物酶
;
Ipomoea trifida
;
基因克隆
;
序列分析
Cloning and Bioinformatical Analysis of Glutathione Peroxidase from
Ipomoea
trifida
(
2X
)
Zhang An , Cao Qinghe , Zhao Donglan , Zhou Zhilin , Tang Jun
Key Laboratory of Biology and Genetic Breeding of Sweet Potato, Ministry of Agriculture, Xuhuai District Institute of Agricultural Sciences, XuZhou, 221131,
P.R. China
Corresponding author, tangjun5886@163.com;
Authors
Abstract
The
Ipomoea trifida
glutathione peroxidase enzyme coding region was obtained for the first time using RT-PCR and
specific primers which based on transcriptome assembly result and bioinformatic analysis was conducted with the aim to study
resistance-related genes. Sequencing results show that the sequence contained a complete open reading frame of 510 bp encoding
169 amino acid residues. GenBank accession number was KC961953. The putative protein size was approximately 18.7 kDa,
isoelectric point 6.32, and there was a wide range of hydrophilic region. It was speculated that the protein play antioxidant role in
nucleus. Phylogenetic analysis indicated that IbGPX of sweetpotato was most closely related to ItGPX. The secondary and tertiary
structures were also predicted with PSIPRED and 3D-JIGSAW, respectively. Cloning of
I.trifida
glutathione peroxidase gene would
help sweetpotato breeding for stress-tolerance with new genetic resources.
Keywords
Sweetpotato; Glutathione peroxidase;
Ipomoea trifida
; Gene cloning; Sequence analysis
研究背景
植物在生长过程中经常面对各种逆境，如高
温、干旱、低温、盐碱等，这些胁迫会使植物产生
大量活性氧
(reactive oxygen species, ROS)
，造成氧
化胁迫
(Bartels and Sunkar, 2005; Mahajan and Tuteja,
2005)
。如果不能及时清除这些活性氧，就会造成植
收稿日期：
2013
年
05
月
05
日
接受日期：
2013
年
05
月
07
日
发表日期：
2013
年
05
月
23
日
基 金 项 目 ： 本 研 究 由 国 家 甘 薯 产 业 技 术 体 系
(CARS-11-B-02-2012)
、农业部
948
子课题
(2011-G1-20)
和国
家
863
子课题
(2012AA101204)
共同资助