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分子植物育种
(
网络版
), 2012
年
,
第
10
卷
,
第
1505
-
1510
页
Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2012, Vol.10, 1505
-
1510
http://mpb.5th.sophiapublisher.com
1507
1.3
WRKY4
基因全长序列的获得及分析
根据中间片段序列和
RACE
试验结果，获得的
3
个
cDNA
片段进行拼接，最终得到长度为
1 722 bp
(
图
4)
的美洲南瓜
WRKY4
基因
cDNA
全长序列。根
据拼接得到的
WRKY4
序列设计引物，
RT-PCR
得到
的产物经回收、克隆、鉴定后测序，得到的序列与
拼接序列完全一致，证明得到南瓜
WRKY4
基因全
长。经
NCBI ORF (
开放阅读框
) (http://www.ncbi.nl-
m.nih.gov/gorf/gorf.html)
查找，确定最大开放阅读
框长
1 419 bp
，编码
472
个氨基酸，预测分子量约
为的
51.40 KD
，等电点为
8.36
，
GenBank
登录号为
JX096811
。
图
4
美洲南瓜
WRKY4
的
cDNA
序列及推导的氨基酸序列
注
:
灰色区域为
WRKY
家族的特征序列‘
WRKYGQK
’
Figure 4 Nucleotide sequence and the deduced amino acid sequence of cDNA encoding WRKY4 in Zucchini
Note: The gray area indicates the characteristic sequences of ‘WRKYGQK’ in the WRKY family
1.4
WRKY4
基因的生物信息学分析
利用推导的蛋白序列在
NCBI Conserved Dom-
ain Search (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/dd
/wrp b.cgi)
上检索，发现其第
168
个到
174
个氨基酸
和第
339
个到第
345
个氨基酸含有
WRKY
保守结构
域。实验克隆到的美洲南瓜
WRKY
含有
2
个
WRKY
结构域，表明其属于第一类
WRKY
家族成员。
蛋白序列通过
NCBI
中的
BLAST
分析，发现该
基因与黄瓜
(
Cucumis sativus
)
WRKY
同源性最高，
为
76%
，与葡萄
(
Vitis vinifera
)
WRKY32
、大豆
(
Glycine
max
)
WRKY24
、拟南芥
(
Arabidopsis thaliana
)
WRKY32
的同源性分别为
63%
、
65%
、
61%
。
为了分析美洲南瓜
WRKY4
与其他植物
WRKY
基因间的亲缘关系，利用
DNAMAN
软件，将不同