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水生生物研究
, 2012
,
1
,
7-13
Shuisheng Shengwu Yanjiu, 2012, Vol.1, 7-13
http://aor.5th.sophiapublisher.com
10
族成员共有的蛋白稳定性及高导热性直接相关
(Muller et al., 2002; Barth et al., 2003)
与哺乳动物相比,虹鳟鱼、大西洋鲑鱼、罗非
鱼和石鮨鱼等硬骨鱼类的
myostatin
基因有两种类
(
myostatin-I
myostatin-II) (Østbye et al., 2001;
Rodgers et al., 2003; Garikipati et al., 2007)
。本实验
克隆的
myostatin
基因与这些鱼类的
myostatin-I
源性较高,而斑鳜中是否有第二种
myostatin
基因
类型的存在还有待进一步研究。许多研究表明:
myostatin
基因是哺乳动物肌肉发育中重要的负性
调控因子,仅在骨骼肌中特异性表达;而鱼类的
myostatin
基因在除骨骼肌外的多种组织
(
:
,
,
,
,
肠等
)
中广泛表达,因此,可推测鱼类
myostatin
基因的作用可能不仅仅局限于抑制其肌
肉的生长发育,还可对鱼类神经系统的发育等多方
面产生广泛影响
(Garikipati et al., 2007)
。本研究对斑
myostatin
基因及启动子进行了克隆及初步的生
物信息学分析,为进一步研究斑鳜
myostatin
基因
的功能及其启动子的调节机制提供了有益的参考。
3
材料与方法
3.1
试验材料和试剂
鲜活斑鳜
(
Siniperca scherzeri
)
购于长沙西长街
特种水产品市场,解剖获取鱼背部肌肉,提取基因
DNA
用于
myostatin
的克隆。
OMEGAMini Plasmid Kit
Gel Extraction Kit
TaKaRa TaqTM PCR
试剂盒
(
购自宝生物有限公司
)
DNA mark
PMD18
-
T
载体、
top10
感受态细胞
(
自天根生化科技有限公司
)
3.2
白肌基因组
DNA
的提取
称取
0.2 g
斑鳜的白肌,尽量剪碎,加入
1 mL
裂解液
(10 mmol/L Tris-HCl, pH 8.0; 100 mmol/ L
EDTA; 400 mmol/L NaCl; 1% SDS)
于玻璃匀浆器
中研磨均匀。吸取
500 μL
匀浆液,加入半粒黄豆
大的蛋白酶
K
,摇匀,
56
℃消化
2~3 h
。裂解物分
别用等体积的饱和酚、酚
/
氯仿
/
异戊醇
(25:24:1)
和氯仿
/
异戊醇
(24:1)
各抽提
1
次,
12 000 r/min
离心
10 min
,取上清液。加
1/10
体积
3 mol/L
NaAc
和两倍体积的无水乙醇,-
20
℃沉淀
30 min
12 000 r/min
,离心
10 min
,弃上清。
70%
乙醇漂
洗两次,离心,弃废液,干燥。最后用
100 μL
菌去离子水溶解。
3.3
引物设计和合成
根据
Genbank
中与斑鳜亲缘性较近物种的
myostatin
基因序列的比较,设计简并引物
AD1
和特
异性引物
Sp1
Sp2
Sp3
扩增斑鳜
myostatin
的启动
子。引物
F1
R1
F2
R2
用于扩增
MSTN
基因的部
分序列,再拼接成一个长片段。所用的引物
(
1)
均由博尚生物公司合成。
3.4 Myostatin
基因和启动子的克隆
AD1
14 bp
的简并引物,以斑鳜白肌基因组
DNA
为模板与下游引物
SP1
进行第一轮扩增,然后
1 μL
第一轮产物为模板与下游引物
SP2
进行第二
轮扩增,最后以
1 μL
第二轮产物继续与下游引物
SP3
进行第三轮扩增,得到第三轮产物
(PCR
程序如
2)
。以斑鳜基因组
DNA
为模板,
F1
R1
为引物进
行扩增,程序为
94
3 min
94
30 s
56
1 min
72
2 min
36
个循环;
72
8 min
。以
F2
R2
引物,斑鳜基因组
DNA
为模板进行
PCR
扩增,程序
94
3 min
94
30 s
58
1 min
72
1
min
36
个循环;
72
8 min
1
引物序列及退火温度
Table 1 Nucleotide sequences and annealing temperature of oligonucleotide primers
引物
引物序列
(5´–3´)
退火温度
(
)
Primer
Nucleotides sequence (5´–3´)
Annealing temperature (
)
AD1
CGATGGCRCYRTCN
42
SP1
CATTATTGTCTCCGTGATGGCA
60
SP2
CTGGTGCGTCTCTTGGTCAC
58
SP3
GTTTGGATTAATGTCCCACAC
58
F1
AGACAATGCATCTCTCTCAGAT
56
R1
CTTCACCTCCATGAATGGTTG
56
F2
ACTGGGGCATCGAGATTAACG
58
R2
CAACTCAAGAGCATCCACAACG
58